Вы не могли бы более конкретно сказать, что непонятно. А то мне трудно ответить на такой сумбурный вопрос.
По идее Плутон - страж времени и не существует ни в одном времени.
В манге однозначно утверждается, что Плутон Страж Врат и не может покинуть их никогда и ни при каких условиях. Однако в финале битвы с Темной Луной, чтобы спасти всех, Плутон нарушила запрет, покинув Врата. Она вмешалась в битву и, остановив время, погибла. Затем она была возрождена нео-королевой Серенити в 20 веке как Сецуна Мэйо. Видимо в новой реинкарнации Плутон оказалась освобождена от обязанности Стража Врат.
В аниме же все несколько запутанней. Там Плутон не вмешивалась в битву во втором сезоне и не умирала.
Но, тем не менее, Сецуна появляется, как и в настоящем, так и в 30 столетии. Причем в 20 веке она помнит все, что происходило в 30 (сцена с Чибиусой)
В 112 серии Сецуна прямо говорит, что прибыла из будущего, как и Чибиуса. И, скорее всего, в будущем они с ней тоже встечались не только у Врат Времени. В аниме время она останавливает уже тогда, когда действует совместно с Ураном и Нептуном в третьем сезоне. А затем она является Чибиусе, окруженная циферблатами часов. То есть в аниме она так и не была освобождена от обязанности Стража Врат, но явно иногда может их покидать.
В аниме Плутон при встрече у Врат Времени тоже говорит воинам, что не может пойти с ними, так как должна охранять Врата. Но в аниме не утверждается, что она не может покинуть их никогда и ни при каких условиях, и при желании можно воспринимать эти слова как относящиеся исключительно к данному моменту.
Иногда из-за слов Сецуны, о том что ее послали из будущего, и представления Урана и Нептуна как "воинов новой эпохи" считают, что и они прибыли из будущего, но это явно не так.